黄局长十分愤怒，叶公瑾十分尴尬，听从了黄局长的命令将两个人都抓住了。程云发出于对鱼刺的嫉妒派人严密搜查鱼刺的宿舍，但是一无所获。鱼刺的办公室也被赵明贵翻了个底朝天，鱼刺的属下也都被列在怀疑之列。
鱼刺面对叶公瑾面不改色，鱼刺利用叶公瑾好大喜功的心里为自己筑起了第一道防线。黄局长却没有耐心说要杀害她们两个人。但是叶公瑾却晓之以理。黄局长说要是调查她们要花费太多的时间和精力。叶公瑾说要是 把她们俩都杀了恐怕难以服众。黄局长却还说在大庭广众之下发生这样的事情真是笑话。叶公瑾却说自己想要暂时保住她们俩的命，还说自己想要调查清楚她们背后的线索，于是还联想起半年前有个打入共产党内部的国军说他们的高层有国民党。黄局长于是终于答应给他一些时间。
鱼刺坐在审讯室里想着当年自己问爸爸，爸爸对说杜少英说她还有一个亲姐妹，但是失踪了。
国民党的人对真假苏少卿进行审讯，他们让真正的苏少卿将她被捕的经过讲述一遍，还说自己被共产党拘捕的时候被审讯调查，还说共产党对自己的饿生活习惯进行严密的观察然后培训鱼刺让她成功取代自己，苏少卿讲述的过程详细让人不得不相信。
鱼刺按照当时在根据地的同志告诉自己的有关苏少卿的家人以及同事的信息一遍遍在自己脑子里过着电影，对与国民党对自己的审讯对答如流，还对刘明贵对自己设下的圈套一一挑明。苏少卿还将自己制作炸弹的过程一一讲述，包括自己的材料所得以及良苦用心，叶公瑾在审讯室外监听。苏少卿还说他们可以去找独眼龙，独眼龙一定能证明自己的身份。鱼刺实话实说说苏少卿可能是自己的孪生姐妹，于是要他们保住对方的安全。
叶公瑾来找鱼刺想要用心里窥测的方法来检验真假。叶公瑾将听诊器放在鱼刺脉搏上，当叶公瑾问她何时加入共产党的时候，鱼刺的脉搏突然快速跳动，叶公瑾把矛头对准她说鱼刺学会了苏少卿的所有优点却忽视了她飞扬跋扈的缺点。鱼刺说这些是苏少卿欲盖弥彰的证据，还说自己为了工作不遗余力，现在却换来了叶公瑾的怀疑，很是心痛。叶公瑾无法辩驳，但是还是不能肯定。虽然自己心里已经有了定数，但是杀了鱼刺对于自己是一个致命的牺牲，毕竟自己这么长时间来的业绩有很多都是鱼刺的功劳，于是正在犹豫不决。
叶公瑾对程云发说了自己审讯鱼刺的结果，自己很怀疑鱼刺就是冒充的，但是又不忍心自己将将来晋升的机会就这样断送，于是还要坐观其变。
杜自远为了保住鱼刺破例给叶公瑾打电话还拿叶公瑾放在自己这里的钱作为筹码让他跟自己见面。叶公瑾见到杜自远，杜自远编了一出戏还说有人威胁自己要他转告叶公瑾只有保住了情报局的长官的命才能保住他的钱。叶公瑾半信半疑掏出听诊器想要听杜自远的脉搏，以确定他说的话的可靠性。
双谍第3集剧情介绍叶公瑾回到办公室想着杜自远说的话，于是就再次找了鱼刺，他对鱼刺说苏少卿是个聪明人，如果她能对自己说实话也许自己还能保住一条命，于是就让鱼刺好好考虑一下。说完叶公瑾就走了。
晚上，鱼刺想着叶公瑾和张伯为对自己说过的话，于是决定要杀了独眼龙争取主动权。鱼刺用她最快的速度逃出来于是来到女子宿舍找到自己最信任的三个同事一起来找独眼龙。其实杜自远为了确保鱼刺的安全已经准备了刺杀独眼龙的行动，但是鱼刺还是先自己一步来到独眼龙的住处。鱼刺来到独眼龙的卧室成功杀害了独眼龙还将房间安放了炸弹，正准备抽身，国民党派人来杀了鱼刺，鱼刺在同事的帮助下成功炸掉现场跑掉了。
鱼刺炸了现场杀了独眼，心里轻松许多可以专心对付叶公瑾和苏少卿了，于是又回到了审讯室。叶公瑾警告鱼刺不要随便乱跑，不然就会将她关上脚镣手扣。鱼刺说自己想要证明自己能顺利逃跑然后仍然回到审讯室是为了给自己一个公平的平台。叶公瑾听说独眼龙的住处被炸了就怀疑是鱼刺所为，但是苏少卿却据理力争说自己出去只是去叶公瑾家门前反省。叶公瑾就让程云发和赵明贵分头行动，查看了女生宿舍和自己家门前的标记，都滴水不漏，虽然不愿意相信是巧合，但是还要继续辨别真假苏少卿。
张伯为对杜自远说了昨天晚上独眼龙被杀的消息，于是杜自远就跟张伯为商量着怎样进行下一步计划。正在这时，稽查办来银行闹事，说是要调查银行账目，但是杜自远却搬出美国花旗银行的人来压制他们，最终他们也不得不息事宁人，叶公瑾手下临走时候对杜自远说叶公瑾要跟他在下午见面。
叶公瑾有个外甥叫郝贵还给他一个差事要测试他的能力，还说自己用了半辈子积累了财产，但是现在自己的钱却拿不出来。郝贵就说自己保证能完成任务，还说以后要是真的能在军情局一定能大展拳脚的。叶公瑾让他谨慎行事，盯着杜自远所在的银行看看他们是自己人还是外人。
叶公瑾为杜自远引见了自己的外甥郝贵，还说要是能让郝贵去银行上班就能给他介绍许多大客户。杜自远被迫接受了叶公瑾的要求，答应让郝贵来银行上班。但是事情发生了一百八十度的转弯，郝贵是我军一名侦查员，上级为了营救鱼刺才想要利用郝贵和叶公瑾的特殊关系，伺机救出鱼刺。
苏少卿当年的教官石教官来到了情报处，请求石教官务必找出真假苏少卿。鱼刺看到了石教官终于努力想到自己跟石教官曾经的经历。石教官拿同样看似微小的问题来测验真假苏少卿，但是都一筹莫展。石教官对叶公瑾说自己已经尽力了，但是还是分辨不出。
杜自远要下班了，但是郝贵却要他带着自己，还说要跟着他吃好吃的。杜自远费尽心机才摆脱了郝贵。杜自远一出门郝贵就派人秘密跟踪他。杜自远发觉有人跟踪自己就甩掉了身后的尾巴。沈处长试探着鱼刺和苏少卿，让她们俩分别说出自己曾经喝醉酒对苏少卿说过的话，鱼刺恼羞成怒说那些话污秽不堪，苏少卿说的一字不差。还是很难分辨真伪，于是石教官就要来切磋一下她们的身手，看看能不能找出突破口。
