这几年，他真正感觉到了做皇帝的快乐，感觉到了做皇帝的权威。但是好景不长，过了不久，万历皇帝发现自己陷入了新的烦恼之中。如果张居正还在世，也许能够帮助他解除这个烦恼。但现在，他要一个人来承担、来排解。那么，万历皇帝遇上了什么烦恼事呢?这就要说说他的家事了，因为皇帝的家事总是和国事联系在一起的。
万历六年，万历皇帝十六岁，在母亲李太后的主持下，也在当时的司礼监太监冯保和内阁首辅张居正的张罗下，进行大婚，立了一位王姓姑娘为皇后。这位王皇后举止端庄，侍候李太后特别尽心，所以深得太后的喜欢。也由于她的这个性格，小世宗万历皇帝尽管未必很喜欢她，却十分敬重她。但遗憾的是，这位王皇后没有生育。
我们刚才说万历皇帝陷入了新的烦恼，就和这个王皇后没有生育密切相关。王皇后没有生育，万历皇帝的其他女人却有生育，女儿不算，他一共有过八个儿子。万历皇帝的长子朱常洛出生在万历十年八月，这时，张居正已经去世两个月了。万历皇帝这个儿子的母亲，和皇后同姓，也姓王，但她却是万历皇帝的母亲李太后慈宁宫中的一名宫女。
根据《明史·后妃传》记载，这名王姓宫女和万历皇帝之间发生的故事纯属偶然，是一个不负责任的浪荡少年和一个苦命女子之间的故事。事情发生在万历九年年末的一天。万历皇帝照例来到母亲居住的慈宁宫请安，见到了这名王姓宫女。后来的事实证明，万历皇帝对这名王宫女根本就没有感情，更谈不上喜欢，但这一天鬼使神差，万历皇帝却私幸了王宫女。而就是这一次的私幸，使王宫女怀孕了。
根据明朝的国家制度，皇帝的一言一行，都有文书房宦官做记录，这个记录有个名称，叫作“起居注”。这个制度至少在汉朝就已经出现了，一直传承到明朝。而根据明朝皇家的“家法”，皇帝不管和哪位女性发生性关系，这位女性都可以得到赏赐，文书房的宦官则要把这件事情发生的时间、地点、人物，以及赏赐的物品，都记录在案。日后一旦有“龙子”诞生，这就是依据。并且，这种事情还要向太后汇报，让太后知道儿子都做了些什么。这样，在理论上可以保证“龙种”的纯正，以防假冒。明朝皇帝的儿子是否有假冒，尚无明确记载，但藩王中却有假冒产品被揭露。
当时不到二十岁的万历皇帝，虽然私幸了王宫女，却不想让人知道，也没有赏她物品。所以，虽然文书房宦官记载了这件事情，却没有敢向太后报告。直到太后发现王宫女怀孕，才知道事情的真相。尽管大家都瞒着，但太后还是很高兴。因为从家事来说，她就要做奶奶了;从国事来说，如果是儿子，皇位就有继承人了，这可是皇长子。特别是王皇后进宫五年，一点动静都没有，而王宫女的怀孕，说明这不育的责任不在儿子而在儿媳妇。如果是这样，儿子还可以和其他的嫔妃、宫女生儿子，自己这孙子、孙女还有得抱。
但是，当太后向万历皇帝询问这件事情的时候，皇帝却顾左右而言它。问急了，干脆耍赖，说没这件事。皇帝的态度，让太后不快。她让人取来“起居注”，让皇帝自己看。铁证如山，皇帝抵赖不了，只好承认。
太后见儿子这种态度，知道他不喜欢王宫女，便好言相劝说：“吾老矣，犹未有孙。果男者，宗社福也。”(《明史?后妃传》)在太后的干预下，还在怀孕期间的王宫女提前“母以子贵”，在万历十年四月，被封为“恭妃”。四个月后，王恭妃果然生下来一个儿子。这个儿子就是万历皇帝的皇长子，取名叫“常洛”。
