朱元璋一死，朱允炆登上皇位，称建文帝。齐奏、黄子澄恐诸王进京奔丧对朱允炆不利，商议立矫诏不让诸王进京奔丧。燕王朱棣带兵前往京城奔丧，在长江边被李景隆截住，燕王割下战袍，写下“祭拜孝陵”四字，扬言若不久他祭陵，将强行渡江。
要求祭拜孝陵的血书摆在建文帝面前，建文帝忐忑不安，最后与齐泰、黄子澄密谋让燕王单骑过江，然后在他祭拜孝陵时派御林军抓捕。燕王单骑进京，在郊外被闻讯赶来的徐妙云拦住，徐妙云告诉他，有人要在他祭拜孝陵时抓他，叫他千万别进京，更不要走金川门这条路。燕王不听徐妙云的劝阻，持剑直奔金川门。因为得知有人暗算，他早有防备，一路杀退埋伏的御林军，直奔金殿而来。
金殿上，建文帝和一帮重臣正等着御林军的好消息，忽见燕王血染战袍，闯入金殿，质问建文帝为何要设下埋伏将他擒拿。建文帝见事己败露，只好佯装糊涂，与燕王一起祭拜孝陵。祭拜完毕，燕王要回江北，御林军伏击失败，迁怒于徐妙云的通风报信，将她关入了兵部大字。
大明天子第5集剧情介绍燕王被软禁在西园，不能自由出入。聚结在江北的燕军将领张玉、朱能与道衍和尚料知燕王凶多吉少，便暗中令燕军北辙，道衍与张玉、朱能等乔装入城，欲救燕王。定国公徐辉祖和徐增寿兄弟俩设法从兵部大车救出妹妹徐妙云，建文帝偏袒徐妙云，并未追究通风报信之罪，把徐妙云迁居到毓秀宫。
建文帝在齐泰、黄子澄等的坚持下，终于下了囚禁燕王的决心。道衍和尚假扮成乾清宫的太监、张玉朱能扮成御林军，赶在了齐泰、黄子澄之前，来到西园，假传逮捕燕王的圣旨，在御林军眼皮底下带着燕王疾驰而去。
大明天子第6集剧情介绍燕王逃到北平，心有余悸。心想如今对抗朝廷，时机未到，遂韬光养晦。派人送给建文帝狸猫一只，表示自己己如狸猫般乖乖归顺朝廷了。建文帝与齐泰、黄子澄等商议，要对雄据一方的朱元璋的皇子们下手。为试探燕王的动静，他们先后抄了湘王、峨王、齐王、代王等王府，杀人无数。
但燕王己看穿皇上的心机，这些王府眷属有逃往燕王府避难的，燕王一概不予接纳。燕王的同母弟弟周王被建文帝追杀，周王逃到燕王府避难，燕王先是不允，后来念及一母同胞，只好暂时收留，但他怕因此累及自身，无奈之下，将三个儿子高炽、高煦、高隧都送到朝廷充当人质，以求得一时之平安。
燕王让张玉护送三个儿子去京都，同时押上周王。徐王妃哭着为儿子们送行，同时暗暗叮嘱周王别再耍王爷脾气，要好好求皇上，以免死罪。
