沈冰质疑封格格的身份，对其盘问一番，幸得卢定军解围才洗脱嫌疑。即便封格格如何巧舌辩解，沈冰仍旧坚持自己的判断。沈冰离去后，狡猾的卢定军派人暗中监视沈冰，因为他推测刘远现如今一定在沈冰的手里。在茶楼对面暗中观察的高飞和金小班察觉出茶楼老板的诡计，几次放到嘴边的茶水都不见下肚，茶楼老板丧气离开。
封格格偷偷在饭桌上将情报传递给了少洪波。高飞在茶楼里和金小班推断刘远就在沈冰的手里，而他计划帮沈冰转移注意力。
果然，刘远在沈冰的手里，沈冰来到了关押刘远的地方。此时，茶楼下的军统特工们发现事有蹊跷，冲到茶楼才发现高飞和金小班已经逃跑。卢定军发现共党、军统局和一个毫无干系的私家侦探高飞都在找刘远。而此时，刘远正被沈冰的助手灵儿拷问军火所在地，一针打下晕死过去。
高飞和金小班来到了佟强的住所查找线索，而军统特务们正暗中监视着高飞和金小班的一举一动。顾明跟踪沈冰推断其大有可疑打算抽查其驻地，而卢定军却采纳了少洪波的保守对策，按兵不动，同时暂时不捉拿高飞。沈冰跟刘远提出了合作的建议，逼其说出军火所在地。
高飞在佟强家里的一片照片墙上发现了线索，决定去顺清王府打探一番。可顺清王府却一直有闹鬼的传言。刘远再次被打毒针拷问，昏迷之际，他说了“文殊菩萨”四个字，正当沈冰猜测“卷轴”之际，其手下告之高飞正准备去顺清王府的消息。
特工003第5集剧情介绍高飞和金小班夜探顺清王府，他刚拿到卷轴就被沈冰挡住了去路。沈冰带着人挟持着金小班要高飞交出卷轴，高飞虽不交卷轴，却对沈冰关心有加，为其包扎伤口。于是，沈冰顺势劝高飞加入军统局，高飞断然拒绝。二人大打出手，不料，此时顺清王府已被顾明带着一队人马枪火包围。贺光辉在王府门口的一辆黑色轿车里也暗中观察着高飞的一举一动，对其颇为欣赏。交战混乱中，高飞遇到了一个熟悉的蒙面女人，对方一声不吭负伤而逃。原来这个女人正是跟卢定军暗中传递消息的鬼影。
高飞和金小班顺利逃出了顺清王府，又来到佟强家里。在佟强家，高飞与一位正在洗澡的女人尴尬相遇，而这个女人自称佟强的表妹。沈冰派军统局的特工们暗中监视高飞在佟强家的举动，却被卢定军派来的麻科长突然抓走。此时，沈冰和甲先生派来的铁面人街头，铁面人令其小心卢定军。
封格格想起与高飞并肩作战的瞬间，不经意生出几分情愫。而此时的高飞正在佟强家里看着佟强表妹铺桌布。卢定军的手下们取代了军统局特工们正在窃听着高飞等人的举动。佟强表妹贺敏为躲避窃听，和高飞、金小班三人钻到桌子底下摊牌，而此时，金小班制作的唱片炸药意外被提前启动。佟强表妹贺敏证实高飞身份后，听到高飞说出要替佟强报仇之时，她提出了加入他们的请求。
特工003第6集剧情介绍高飞在佟强住所里用各种方法尝试着解开卷轴的秘密，终于被他发现了一张写满数字的纸。贺敏无心的一句奥顿多夫编码被麻科长将窃听到。麻科长立马将消息派人送到司令部，少洪波见卢定军不在趁机偷偷拆看情报并把消息传给了封格格。封格格收到“佟家有火”的消息甚为担忧。因为卢定军收到消息后，正打算趁机假高飞之手在佟家干掉沈冰。
麻科长逼迫军统特工打电话骗沈冰赶去佟强家，而沈冰意识到卢定军会有埋伏，于是命灵儿寻找狙击点暗中监视。沈冰独身一人来到佟强家，她与高飞二人喝酒断情，两个相爱的人因不同的信仰而濒临决裂，拿枪相向。正在此时，沈冰下属灵儿赶来通知他们已经被包围的消息，沈冰才意识到自己中了卢定军的计，于是在高飞的提议下二人不得不合作离开佟家。逃跑中，沈冰走神回忆起曾经与高飞的一段情，差点被击中，幸得高飞及时相救，沈冰却趁高飞作战期间，将高飞怀里的卷轴抢了过去。
顾明带着一队人马在佟家附近枪火包围，这时，封格格来到佟家接应，高飞等人顺利逃出佟家。金小班离开前启动了炸弹，佟家瞬间被炸得废碎，卢定军的阴谋失败。
高飞带着封格格穿行在街道上，二人情愫渐生。另一边，沈冰向上级报告对付卢定军的提议不料被拒绝，沈冰大失所望。
