乾隆二十五年。阿里和卓带着女儿含香，及浩浩荡荡的回族队伍准备进京，在途中，却遇上了一场刀光血影的抢夺。
于北京城里，小燕子、紫薇等人正为一栋崭新的酒楼粉刷油漆，一个不慎!众人竟溅满了全身的彩漆，而在同时，忽闻太后即将回宫，众人一时惊慌失措辞!小燕子、紫薇两人更来不及洗清脸上的油彩，即匆匆前往迎驾，然而小燕子与紫薇的狼狈丑态，却让太后留下深刻及不快的印象。
还珠格格第二部第2集剧情介绍小燕子等人和回族客人真是不打不相识，最后小燕子因佩服回族勇士蒙丹的高超武功，便兴起向蒙丹拜师学艺的念头，并嘱咐柳青兄妹妥善照顾身受重伤的蒙丹。
小燕子和紫薇因出宫，而耽误了太后的晚宴，于是又召来一场严历的责难，小燕子急中生智，轻松逃过一劫。
还珠格格第二部剧照
阿里和卓带着公主含香等一行队伍，已经来到京城，在市街上，处处挤满著围观的民众，而蒙丹等人却以锐利的眼光注视着队伍行进。
还珠格格第二部第3集剧情介绍皇宫中鼓乐齐奏，乾隆大开宫门迎接自回疆远道而来的阿里和卓及女儿含香进宫。
在宫中的大戏台里，含香也以别开生面的回族舞蹈敬献乾隆，而乾隆却为含香的风姿一见倾心。
小燕子因不忍见令妃失宠，竟斗胆顶撞一国之君，乾隆忿怒之下，便掌掴小燕子一记耳光，小燕子和紫薇对一向慈爱的乾隆，已生失望，小燕子更生气得扬言要离开皇宫，离开永琪，一时之间，众人内心纷乱不已。
还珠格格第二部第4集剧情介绍小燕子和紫薇对一向慈爱的乾隆，已生失望，小燕子更生气得扬言要离开皇宫，离开永琪，一时之间，众人内心纷乱不已。
经过乾隆亲临漱芳斋，安抚着小燕子与紫薇的情绪后，父子三人又和好如初。不久乾隆册封含香公主为“香妃”。
还珠格格第二部第5集剧情介绍乾隆特派尔康、永琪护送香妃至城外送别阿里和卓，但在众人欲行回宫之时，蒙丹又带着数名黑巾蒙面的武士杀出，并准备劫走香妃.
于是尔康和永琪又和蒙丹等人再次交手，双方展开一场奋战!小燕子、紫薇同情香妃遭遇，便起侠义之心欲助香妃、蒙丹这对苦情的恋人，但是两位格格却因此又陷入了另一场危机之中。
还珠格格第二部第6集剧情介绍被关入暗房的小燕子与紫薇状况不明，简直急煞了尔康和永琪，所幸又由才貌双全的晴儿，以机智化解了小燕子和紫薇的危险，而聪明伶俐的晴儿，却成为紫薇最大的威胁。
小燕子、紫薇和香妃三人因为种种的刻骨经历，她们的感情更为亲密浓厚，香妃亦因得知音，而逐渐展露欢颜，此时，十五阿哥诞生子，皇宫中又是喜气洋洋，然而，皇后和容嬷嬷却见不得令妃、香妃的得宠，心中又燃起了嫉妒和不甘。
