冷心从陆小荷提供的密码里发现了日本秘密组织“桃花源”的一切事情，并确定松田浩就是秘密组织的领导人。冷心和金镶玉佩服陆小荷的机智及勇气，而刘文钊的内心挣扎无比。他不希望陆小荷走上这条危险的道路，然而，陆小荷却已经义无反顾地踏在了这条革命的路途中。
陆小荷被关进了疯人院，松田浩前来探望，故意说出了花想容的死亡方式，陆小荷的眼中露出了一丝泪光，松田浩确定陆小荷是装疯，他从陆小荷与刘文钊对峙的录音中听出了端倪，来到花想容的坟前找到了林浩然的尸体，但是他却无法确定陆小荷让刘文钊到坟地究竟是做什么。万般无奈之际，松田浩向刘文钊公开了自己的身份，决定孤注一掷。松田浩告诉刘文钊，想要证明自己的清白，只有一个办法，就是杀掉陆小荷。
刘文钊没有想到松田浩会逼自己杀死陆小荷，他决定营救陆小荷，他请求刘志航的帮助，刘志航却为了自己的前途拒绝了。无奈之下，刘文钊只能设计陷害刘志航，要挟他帮助救人，刘志航无奈接受了他们的请求。在刘志航的帮助下，樱木芳子和松田浩接到了来自南京的密电，要求将陆小荷押往南京。
少爷从军记第40集剧情介绍同时出现的两份密电让松田浩失去了判断，在刘文钊看来，虽然松田浩聪明过人，但是越聪明的人，在遇到简单的问题时反而会出错。这是一次重大的赌博。为了让松田浩更加糊涂，刘文钊决定自己前往南京谈生意。松田浩命樱木芳子紧紧地跟着刘文钊，绝对不能松懈。
金镶玉希望能够秘密跟随刘文钊，完成营救陆小荷的任务。冷心却决定自己前去。金镶玉知道这次前去九死一生，冷心笑着对金镶玉说，鱼不会死，网也不会破。
去往南京的列车，所有人都齐聚这里，樱木芳子临时决定要提前下车，给冷心一个措手不及，临时停车站，共产党派出的救护车将陆小荷顺利救下，冷心和樱木芳子陷入苦战。已经暴露的冷心为了保护刘文钊，一枪打向他的心脏，并将樱木芳子开枪打死，而冷心也寡不敌众，死在了敌人的枪下。
金镶玉得知了冷心的死讯痛不欲生，但是她知道自己的任务还没完，她来到山木次郎的家中大闹，将刘文钊受伤的事情全部怪到了日本人头上。松田浩带着金镶玉来到冷心的尸体前，金镶玉看着冷心的惨状，心如刀绞，为了保护刘文钊，她开始痛骂冷心，但是眼泪却止不住的往下流。
冷心精准的枪法住了刘文钊的性命，再次回到江口的刘文钊面对冷心的无字牌痛苦万分，他此刻才知道，陪在他身边十年的冷心，一直有一个深爱的男朋友，为了革命事业牺牲在了战场……
少爷从军记第41集剧情介绍冷心的牺牲稳固了刘文钊的汉奸地位。在刘文钊和金镶玉的努力工作下，获取了很多重要的情报，为革命事业贡献了重要的力量。
转眼间，到了一九四五年。
刘文钊拜祭冷心，遇到了李朝阳。李朝阳带着刘文钊见到了刘吉祥，更见到了一个神秘的人，他就是花想容和刘文钊的孩子。刘文钊从来没想到自己竟然有一个儿子。李朝阳告诉刘文钊，当时正在进行神鱼计划，为了不影响工作，花想容将这个秘密埋藏了下来……
江口突然来了一群从前线撤下来的散兵，但是刘文钊凭着自己的经验认定这些人并不是普通的散兵，他断定日本人一定另有企图。李朝阳和同志们乘坐的火车被桃花源组织围攻，李朝阳受伤被铺，上级派来了新的联络人，这个联络人竟然是陆小荷。
陆小荷告诉刘文钊，突然来到江口的神秘部队，是从东北临时调配回来的，刘文钊敏锐的察觉到了危机，他断定，日本人要进行一场惨绝人寰的细菌战。刘文钊决定查出日本人的全部计划，阻止细菌战的进行。
少爷从军记第42集剧情介绍(大结局)刘文钊和刘志航制定了完整的作战计划，他们决定和日本人抗战到底。就在大家信心满满，决定战斗的时刻，刘志航突然接到上级的命令，停止作战。他们不希望帮助共产党营救被捕同志。刘志航陷入了矛盾中。
决战前一天，刘文钊来到祠堂看望三位夫人，向他们告别，金镶玉来到刘文钊身边，恳求他和自己成亲，希望自己能够名正言顺地进入刘家祖坟。刘文钊拉着金镶玉的手，和她正式拜了天地。
计划当天，金镶玉来到刘志航的住所，开始进行作战准备，却被刘志航迷晕带走，为了执行上级的命令，刘志航只能选择离开。刘文钊和跳蚤一切准备就绪，可是却迟迟未见刘志航的部队，连金镶玉也没了踪影。危急关头，刘文钊决定一切计划不变。
刘志航逃离半路，被金镶玉和众人拦截。金镶玉无法接受刘志航逃离的现实，自己赶回去帮助刘文钊。
在刘文钊的精心部署下，跳蚤等人顺利救走了受伤被捕的同志，和日本人展开了一场殊死搏斗。金镶玉赶回来和刘文钊并肩作战，却惨死枪下。刘志航无法背叛自己的良心，也赶了回来，和日本人做最后的决斗。刘文钊为了炸毁所有的细菌药品，舍身取义，和松田浩同归于尽，日本人细菌站的计划被刘文钊彻底摧毁。
大难不死的刘志航决定离开江口，临别时，被忠爱的党国赐死，了却了一生的悲剧命运。
一九五六年，找不到尸体的刘文钊和同样找不到尸体的金镶玉、花想容全部移坟进入刘家祖坟，和他们一同埋葬的还有刘志航。祖坟前，白发苍苍地刘吉祥带着陆小荷和刘文钊的儿子刘西川为革命事业奋斗终身的英雄们献上一个至高无上的军礼。
